​조직 슬라이드에서 조직의 형태학적 구조와 맥락에서 유전자 발현 정보 분석

Visium
Spatial
Solutions

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Visium Spatial Gene Expression은 온전한 조직 단면에 대한 형태학적 이미지에 전체 전사체 정보를 통합하여 발현된 유전자의 위치정보를 시각적으로 확인할 수 있는 솔루션입니다. 이 기술은 spatial transcriptomics 방법에 기반을 두고 있습니다. 이 기술은 모든 종의 fresh-frozen 조직 뿐만 아니라, FFPE 조직까지 적용됩니다.

FFPE 방식은 검체의 형태를 원형 그대로 유지하면서 장기간 보존할 수 있기에 병리 조직검사에서 많이 활용 되고 있지만, FFPE 시료가 갖는 특성으로 인해 연구시 많은 제약이 있습니다. 10x Genomics의 FFPE 시료용 Visium Spatial Gene Expression 솔루션은 FFPE 시료가 갖는 한계를 뛰어 넘어, fresh-frozen 조직과 유사한 결과를 얻을 수 있습니다
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제품특징

Visium Spatial
Gene Expression Solution

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Visium Spatial Gene Expression Slide 모식도. 10x Genomics에서 제공하는 슬라이드에는 2개 또는 4개의 Capture Area가 있습니다. 이 Capture Area에는 5천여 개의 바코드가 집적된 spot들로 이루어져 있으며, 이 spot에는 공간 위치 정보를 부여하는 수백만 개의 spatial 바코드 올리고가 집적되어 있습니다. 조직으로부터 방출된  mRNA는 이들 올리고에 결합하고, 시퀸싱 과정을 거쳐 유전자 발현 정보가  분석됩니다.

  • Fresh frozen 및 FFPE 조직 절편으로부터 편향되지 않은 whole transcriptome 분석을 통해 바이오 마커 없이도 모든 유전자를 검출할 수 있습니다.

  • 절편된 조직 전체의 whole transcriptome을 분석합니다. 즉 절편 조직의 일부에 해당하는 관심 영역뿐 아니라, 전체 영역을 분석하실 수 있습니다.

  • 인간 및 마우스 FFPE 조직 절편에서 whole transcriptome의 매우 특이적이고 민감한 검출을 위한 RTL(RNA templated ligation) probe를 사용합니다.

  • H&E, IF와 같은 조직학적 염색법과 호환가능하며, 염색후 측정한 이미지와  whole transcriptome 분석을 결합시켜 형태학적 맥락으로 분석할 수 있으며, 단백질도 함께 검출하실 수 있습니다.

  • 모든 시약은 ready-to-use 형태로 제공되며, Visium 솔루션 분석을 위한 별도의 기기가 필요하지 않습니다.

Explore 
What you can do

  • 정상과 질병조직에서 유전자 활동이 일어나는 위치를 매칭하고 유전자 발현 정도를 측정 및 확인

  • 전체 전사체를 시각화하여 새로운 표적 유전자를 확인하고 이것이 발현된 세포의 위치를 식별

  • 조직내에서 세포의 군집을 특정화하고 그들의 위치를 확인

  • Paired CRISPR 녹다운 및 풍부한 단일세포의 표현형 판독을 통해 다양한 세포 유형들 속에서 유전자 기능변이를 탐색할 수 있습니다.

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FFPE compatibility

조직학 기술의 장점과 RNA 시퀀싱의 방대한 처리량 및 정밀 검출력을 결합하여 FFPE 시료에서 전체 전사체를 분석합니다.

  • 고감도와 특이성을 갖고 전체 FFPE 조직 섹션에서 전체 전사체를 분석합니다.

  • 보관된 FFPE 조직 샘플을 사용하여 새로운 바이오마커 발견

Protein co-detection

면역형광법과 전체 전사체 공간 유전자 발현 분석을 결합하여 새로운 세포 유형 및 공간적으로 미세 환경 매핑이 가능합니다.

  • 공간적으로 전사체와 단백질을 동시에 검출하여 서로의 관계 분석

  • ​세포 유형 특이성을 가진 새로운 조직 바이오마커 발견

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visium_whole_transcriptome.png
Whole transcriptome
or 
targeted assay

전체 전사체 분석으로 유전자 발현을 공간적으로 매핑하거나 표적 유전자 발현 패널을 사용하여 관심 유전자에 집중할 수 있습니다.

  • Fresh frozen 또는 FFPE 조직의 전체 전사체 분석을 통해 새로운 세포 유형, 세포 상태 및 바이오마커의 공간상에서의 발현 위치 파악

  • 표적 유전자 발현- Fresh frozen 조직을 위해 설계된 표적 패널를 통해 모든 관련 유전자 및 경로 분석에 집중

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Quiz Event

​정답을 맞추시는 모든 분들께는 스타벅스 모바일 커피쿠폰을 드리며,
이 중 추첨을 통해 10분께는 10x Genomics의 "노트 및 볼펜 세트"를 드립니다.
다음주 조직의 해리없이 형태학적 구조에서 유전자 발현정보를 볼 수 있는 솔루션은?
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정답은 "Visium Spatial Gene Expression" 입니다.

​퀴즈 이벤트에 참여해 주셔서 감사드립니다. !

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